ОИЯИ всегда был и остается прекрасным местом для начала успешной научной карьеры. Студенты и аспиранты государств-членов Института имеют возможность подготовки своих квалификационных работ в научных подразделениях ОИЯИ, совмещая эту работу с учебой на базовых кафедрах ведущих вузов Российской Федерации или обучаясь по индивидуальным учебным планам. Такой формат имеет ряд преимуществ, например: возможность участвовать в передовых исследованиях, ведущихся международными коллаборациями; широкий диапазон специализаций в Институте; высокая компетентность специалистов ОИЯИ, выступающих в качестве научных руководителей студентов; уникальные дополнительные учебные программы. В ОИЯИ работают шесть диссертационных советов по защите кандидатских и докторских диссертаций.
В настоящий момент на базе ОИЯИ действуют следующие кафедры вузов Российской Федерации:
Казанский федеральный университет
Ядерно-физическое материаловедение
Зав. кафедрой д.ф.-м.н., проф. А. В. Белушкин
МГУ
Физика элементарных частиц
Зав. кафедрой академик РАН В. А. Матвеев
Фундаментальные ядерные взаимодействия
Зав. кафедрой академик РАН Г. В. Трубников
Прикладная математика и информатика
Зав. кафедрой д.т.н., профессор В. В. Кореньков
МИФИ
Кафедра экспериментальных методов ядерной физики
Зав. кафедрой академик РАН В. А. Матвеев
МФТИ
Кафедра фундаментальных и прикладных проблем физики микромира
Зав. кафедрой член-корр. РАН, д.ф.-м.н., проф. Д. И. Казаков
Санкт-Петербургский государственный университет
Кафедра информационных и ядерных технологий
Зав. кафедрой к.ф.-м.н., проф. А. О. Сидорин
Программа «Процессы управления Мега-сайенс установками»
Государственный университет «Дубна»
Ядерная физика
Зав. кафедрой академик РАН Ю. Ц. Оганесян
Фундаментальные проблемы физики микромира
Зав. кафедрой д.ф.-м. н., проф. А. Б. Арбузов
Биофизика
Зав. кафедрой д.ф.-м. н., проф. А. Н. Бугай
Распределенные информационные вычислительные системы
Зав. кафедрой д.т.н. В. В. Кореньков
Нанотехнологии и новые материалы
Зав. кафедрой д.т.н. И. Б. Немченок
Проектирование электроники для установок «мегасайенс»
Зав. кафедрой академик РАЕН, проф. Ю. С. Сахаров
Физико-технические системы
Зав. кафедрой д.ф.-м. н., проф. А. И. Малахов