Деятельность ОИЯИ регулируется руководящими и консультативными органами ОИЯИ, в число которых входят: Комитет полномочных представителей правительств государств-членов ОИЯИ (по одному представителю от каждой страны-участницы ОИЯИ), Финансовый комитет (по одному представителю от каждой страны-участницы ОИЯИ), Ученый совет, Научно-технический совет, Дирекция, Программно-консультативные комитеты ОИЯИ (ПКК по физике частиц, ПКК по ядерной физике, ПКК по физике конденсированных сред).

Комитет полномочных представителей правительств государств-членов ОИЯИ
Главные решения по деятельности Объединенного института ядерных исследований принимаются высшим органом управления ОИЯИ — Комитетом полномочных представителей правительств государств-членов ОИЯИ. Каждое государство-член ОИЯИ имеет одного представителя в этом Комитете. Сессии Комитета проходят каждый год в марте и ноябре.
- Ариф Мамед оглы Гашимов — Азербайджанская Республика
- Артур Егишевич Мовсисян, Республика Армения
- Денис Леонидович Коржицкий, Республика Беларусь
- Цанко Бачийски, Республика Болгария
- Чан Туан Ань, Социалистическая Республика Вьетнам
- Арсен Хведелидзе, Грузия
- Джина Эль-Феки, Арабская Республика Египет
- Сахиев Саябек Куанышбекович, Республика Казахстан
- Ли Че Сон, Корейская Народно-Демократическая Республика
- Гонсало Вальвин Салас, Республика Куба
- Сурэн Даваа, Монголия
- Валерий Николаевич Фальков, Российская Федерация
- Флорин-Дорьян Бузату, Румыния
- Федор Шимковиц, Словацкая Республика
- Илхам Исмаилович Садиков, Республика Узбекистан

Финансовый комитет ОИЯИ
Финансовый комитет включает в свой состав по одному специалисту от каждого государства-члена Института, назначение, отзыв и замену которого производит полномочный представитель. Финансовый комитет осуществляет контроль за финансовой деятельностью Института, проверяет правильность исполнения бюджета. Дает Комитету полномочных представителей рекомендации по совершенствованию финансовой деятельности Института, а также консультации по любому другому финансовому вопросу. Финансовый комитет проводит свои заседания не реже одного раза в год и направляет председателю Комитета полномочных представителей протоколы своих заседаний.

Ученый совет ОИЯИ
Ученый совет ОИЯИ вырабатывает научную политику организации. В его состав входят крупные ученые, представляющие государства-члены, а также известные физики Венгрии, Германии, Израиля, Индии, Китая, Мексики, США, Японии, Европейской организации ядерных исследований (ЦЕРН) и др.
- Ани Апраамян , профессор Университета Нотр-Дам (Нотр-Дам, США)
- Алехандро Айяла, научный сотрудник Института ядерных наук Национального автономного университета Мексики (Мехико, Мексика)
- Цээпэлдорж Баатар , заведующий Лабораторией физики высоких энергий Института физики и технологий Академии наук Монголии (Улан-Батор, Монголия)
- Бом Хун Ли , заслуженный профессор, почетный профессор школы естественных наук факультета физики Университета Соган (Сеул, Корея)
- Эдуард Эрнстович Боос, директор Научно-исследовательского института ядерной физики имени Д. В. Скобельцына МГУ имени М. В. Ломоносова (Москва, Россия)
- Каталин Борча , профессор Национального института физики и ядерной технологии имени Хории Хулубея (Бухарест, Румыния)
- Насурлла Буртебаев , заведующий Лабораторией низкоэнергетических ядерных реакций Института ядерной физики Агентства Республики Казахстан по атомной энергии (Алматы, Казахстан)
- Ван Ифан , директор Института физики высоких энергий Китайской академии наук (Пекин, Китай)
- Зеблон Вилакази, ректор Университета Витватерсранда (Йоханнесбург, ЮАР)
- Владимир Валентинович Воеводин, директор Научно-исследовательского вычислительного центра МГУ имени М. В. Ломоносова; директор филиала МГУ имени М. В. Ломоносова в городе Сарове (Москва, Россия)
- Роландо Гранада , старший научный сотрудник, заслуженный профессор Института Бальсейро Национальной комиссии по атомной энергии (CNEA) (Сан-Карлос-де-Барилоче, Аргентина)
- Хуягбаатар Жадамбаа, профессор Центра по изучению тяжелых ионов имени Гельмгольца (GSI) (Дармштадт, Германия)
- Степан Николаевич Калмыков , вице-президент Российской академии наук; декан химического факультета МГУ имени М. В. Ломоносова (Москва, Россия)
- Сергей Яковлевич Килин профессор Белорусского государственного университета Национальной академии наук Беларуси (Минск, Беларусь)
- Михаил Валентинович Ковальчук , президент Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» (Москва, Россия)
- Георгий Лаврелашвили, главный научный сотрудник Отдела теоретической физики Института математики им. А. Размадзе Тбилисского государственного университета им. Иванэ Джавахишвили (Тбилиси, Грузия)
- Ле Хонг Кхьем , ведущий научный сотрудник Института физики Вьетнамской академии наук и технологий (Ханой, Вьетнам)
- Ли Цзяньган , профессор Института физики плазмы Китайской академии наук (Хэфэй, Китай)
- Павел Владимирович Логачев , директор Института ядерной физики им. Г. И. Будкера Сибирского отделения Российской академии наук (Новосибирск, Россия)
- Иван Борисович Логашенко, заместитель директора Института ядерной физики им. Г. И. Будкера Сибирского отделения Российской академии наук (Новосибирск, Россия)
- Сергей Афанасьевич Максименко, директор Института ядерных проблем Белорусского государственного университета Национальной академии наук Беларуси (Минск, Беларусь)
- Виктор Анатольевич Матвеев , научный руководитель Объединенного института ядерных исследований
- Сатоши Михара, профессор Организации по изучению высокоэнергетических ускорителей (KEK) (Цукуба, Япония)
- Шакир Нагиев , заведующий Лабораторией ядерных исследований Института физики Национальной академии наук Азербайджана (Баку, Азербайджан)
- Денеш Лайош Надь , почетный профессор Научно-исследовательского центра физики имени Вигнера Венгерской исследовательской сети (Будапешт, Венгрия)
- Армен Нерсесян, профессор, ведущий научный сотрудник Национальной научной лаборатории имени А. И. Алиханяна и Института радиофизики и электроники Национальной академии наук Армении (Ереван, Армения)
- Небойша Нешкович , вице-президент Всемирной академии искусств и наук (WAAS); главный научный сотрудник Института ядерных наук «Винча» (Белград, Сербия)
- Иван Падрон Диас , директор Центра прикладных технологий и ядерного развития (CEADEN) (Гавана, Куба)
- Дебора Перес Менеcес, профессор Федерального университета Санта-Катарины; директор отдела анализа результатов и цифровых решений Бразильского национального совета по научно-технологическому развитию (Флорианополис, Бразилия)
- Радослав Рашков , профессор, заместитель декана по науке и проектной деятельности физического факультета Софийского университета имени святого Климента Охридского (София, Болгария)
- Илхам Исмаилович Садиков, директор Института ядерной физики Академии наук Республики Узбекистан (Ташкент, Узбекистан)
- Махмуд Сакр, старший научный сотрудник Института биотехнологий Национального научно-исследовательского центра (Гиза, Египет)
- Рагхунатх Саху, профессор Индийского технологического института в Индоре (IITI) (Индор, Индия)
- Александр Михайлович Сергеев , научный руководитель Национального центра физики и математики филиала МГУ имени М. В. Ломоносова в городе Сарове (Саров, Россия)
- Мишель Спиро экс-президент Международного союза теоретической и прикладной физики (IUPAP)
- Чавдар Стоянов , профессор Института ядерных исследований и ядерной энергетики; член-корреспондент Болгарской академии наук (София, Болгария)
- Георге Стратан , главный научный сотрудник Лаборатории теоретической физики им. Н. Н. Боголюбова Объединенного института ядерных исследований; профессор Национального института физики и ядерной технологии имени Хории Хулубея (Бухарест, Румыния)
- Сун Юньтао, генеральный директор Института физики плазмы Китайской академии наук (Хэфэй, Китай)
- Григорий Владимирович Трубников , директор Объединенного института ядерных исследований
- Румен Ценов , профессор физического факультета Софийского университета имени святого Климента Охридского (София, Болгария)
- Ицхак Церруя , профессор Института имени Вейцмана (WIS) (Реховот, Израиль)
- Чан Ти Тхань , президент Вьетнамского института атомной энергии (Ханой, Вьетнам)
- Ана Мария Четто, экс-президент Мексиканского физического общества; профессор Института физики Мексиканского национального автономного университета (UNAM) (Мехико, Мексика)
- Чжао Хунвэй , заместитель директора Института современной физики Китайской академии наук (Ланьчжоу, Китай)
- Амр Эль-хаг Али, председатель Управления по атомной энергии Египта (Каир, Египет)

Научно-технический совет ОИЯИ
Научно-технический совет Института является совещательным органом при дирекции Института и призван обеспечить участие научных сотрудников Института в организации его научно-исследовательской деятельности. Научно-технический совет правомочен обсуждать вопросы, связанные с научной деятельностью Института, и давать по ним свои рекомендации.
- Аникин Игорь Валерьевич, ЛТФ
- Аницаш Еуджен-Мирча, ЛТФ
- Бедняков Вадим Александрович, Директор ЛЯП
- Бугай Александр Николаевич, Директор ЛРБ
- Бутенко Андрей Валерьевич, И. о. директора ЛФВЭ
- Верхеев Александр Юрьевич, руководитель ДКиД
- Виноградов Александр Витальевич, ЛНФ
- Гикал Борис Николаевич, Главный инженер Института
- Джолос Ростислав Владимирович, ЛТФ
- Еремин Александр Владимирович, ЛЯР
- Иноятов Анвар Хидоятович, ЛЯП
- Казаков Дмитрий Игоревич, Директор ЛТФ
- Калагин Игорь Владимирович, ЛЯР
- Каманин Дмитрий Владимирович, Директор УНЦ
- Каминьски Гжегож, ЛЯР
- Капишин Михаил Николаевич, ЛФВЭ
- Кекелидзе Владимир Димитриевич, Вице-директор Института
- Колганова Елена Александровна, ЛТФ
- Копач Юрий Николаевич, ЛНФ
- Костов Льчезар, Вице-директор Института
- Кореньков Владимир Васильевич, Научный руководитель ЛИТ
- Кошлань Игорь Владимирович, ЛРБ
- Кучерка Норберт, ЛНФ
- Ладыгин Владимир Петрович, ЛФВЭ
- Лебедев Валерий Анатольевич, ЛФВЭ
- Ледницки Рихард, ЛФВЭ
- Лычагин Егор Валерьевич, Директор ЛНФ
- Матвеев Виктор Анатольевич, Научный руководитель ОИЯИ
- Мележик Владимир Степанович, ЛТФ
- Мешков Игорь Николаевич, ЛФВЭ
- Мухамеджанов Ержан, Председатель Совета национальных групп
- Наумов Дмитрий Вадимович, ЛЯП
- Неделько Сергей Николаевич, Главный ученый секретарь Института
- Оганесян Юрий Цолакович, Научный руководитель ЛЯР
- Ольшевский Александр Григорьевич, ЛЯП
- Пешехонов Дмитрий Владимирович, ЛФВЭ
- Кожина Регина Алексеевна, Председатель ОМУС
- Сидорин Анатолий Олегович, ЛФВЭ
- Сидорчук Сергей Иванович, Директор ЛЯР
- Стрельцова Оксана Ивановна, ЛИТ
- Стриж Татьяна Александровна, ЛИТ
- Сыресин Евгений Михайлович, ЛФВЭ
- Трубников Григорий Владимирович, Директор Института
- Утенков Владимир Климентьевич, ЛЯР
- Франк Александр Ильич, ЛНФ
- Шарков Борис Юрьевич, Руководство
- Швецов Валерий Николаевич, ЛНФ
- Шелков Георгий Александрович, ЛЯП
- Ширков Григорий Дмитриевич, Руководство
- Шматов Сергей Владимирович, Директор ЛИТ
- Якушев Евгений Александрович, ЛЯП


Программно-консультативные комитеты ОИЯИ
Программно-консультативные комитеты (ПКК) являются совещательными органами дирекции и Ученого совета ОИЯИ по трем научным направлениям: физике частиц, ядерной физике, физике конденсированных сред. ПКК проводят оценку научных проектов, которые предлагаются на заседаниях ПКК научными коллаборациями, институтами, лабораториями ОИЯИ и отдельными учеными, на основе их научной значимости, а также с учетом наличия людских, технических и финансовых ресурсов ОИЯИ и внешних институтов. Рекомендации ПКК представляются директору ОИЯИ. В рамках сессий программно-консультативных комитетов ОИЯИ традиционно проводятся постерные сессии, на которых молодые ученые могут представить результаты своих исследований.
Программно-консультативный комитет ОИЯИ по физике частиц
Председатель: И. Церруя (WIS, Реховот, Израиль)
Ученый секретарь: А.П. Чеплаков
- Эдуард Эрнстович Боос, НИИЯФ МГУ (Москва, Россия)
- Фуцян Ван, Университет Пердью (Уэст-Лафейетт, США)
- Амареш Джайсвал, NISER (Бхубанешвар, Индия)
- Магдалена Джорджевич, Белградский университет (Сербия)
- Войцех Доминик*
- Петр Завада*, ИФ (Прага, Чехия)
- Арам Коцинян, Национальная научная лаборатория им. А. Алиханяна (Ереван, Армения)
- Сергей Кулешов, Национальный университет им. Андреса Белло (Сантьяго, Чили)
- Леандър Литов, Софийский университет имени святого Климента Охридского (София, Болгария)
- Гобинда Маджумдер, TIFR (Мумбаи, Индия)
- Гамлет Мкртчян, Национальная научная лаборатория имени А. И. Алиханяна (Ереван, Армения)
- Лучано Муза*, ЦЕРН (Женева, Швейцария)
- Сергей Станиславович Нагайцев, Фермилаб (Батавия, США)
- Григорий Игоревич Рубцов, ИЯИ РАН (Москва, Россия)
- Юрий Анатольевич Тихонов, ИЯФ СО РАН (Новосибирск, Россия)
- Петр Христов*, ЦЕРН (Женева, Швейцария)
- Ицхак Церруя (председатель), WIS (Реховот, Израиль)
- Антонио Эредитато, Бернский университет (Швейцария), Йельский университет (Нью-Хейвен, США)
Программно-консультативный комитет ОИЯИ по ядерной физике
Председатель: В. В. Несвижевский
Ученый секретарь: В. А. Рачков
- Эмануэле Вардачи, Неаполитанский университет (Италия)
- Митко Гайдаров, INRNE BAS (София, Болгария)
- Дмитрий Олегович Еременко, НИИЯФ МГУ (Москва, Россия)
- Гуинён Ким, KNU (Тэгу, Южная Корея)
- Дмитрий Анатольевич Клинов, ФЭИ (Обнинск, Россия)
- Валерий Васильевич Кузьминов, БНО ИЯИ РАН (Нейтрино, Россия)
- Хесус Лубиан Риос, INCT-FNA, UFF (Нитерой, Бразилия)
- Индранил Мазумдар, TIFR (Мумбаи, Индия)
- Валерий Викторович Несвижевский, ILL (Гренобль, Франция)
- Маконделеле Виктор Тшивхасе, iThemba LABS (Кейптаун, ЮАР)
- Кевин Хан, CENS (Тэджон, Республика Корея)
- Цинь Чжи, IMP CAS (Ланьчжоу, Китай)
Программно-консультативный комитет ОИЯИ по физике конденсированных сред
Председатель: Д. Л. Надь (Wigner RCP, Будапешт, Венгрия)
Ученый секретарь: О.В. Белов
- Лъчезар Аврамов, ИЭ БАН (София, Болгария)
- Павел Александрович Алексеев, НИЦ «Курчатовский институт» (Москва, Россия)
- Николае Верга, UMF CD (Бухарест, Румыния)
- Сакин Джабаров, (Высшая аттестационная комиссия при Президенте Азербайджанской Республики, Баку, Азербайджан)
- Александр Иванов, ILL (Гренобль, Франция)
- Алексей Кузьмин, ИФТТ (Рига, Латвия)
- Рави Кумар, IIT Madras (Ченнаи, Индия)
- Денеш Лайош Надь (председатель), Wigner RCP (Будапешт, Венгрия)
- Раффаэле Саладино, Университет Туша (Витербо, Италия)
- Дэлэг Сангаа, ИФТ МАН (Улан-Батор, Монголия)
- Манноб Юсупович Ташметов, ИЯФ АН РУз (Ташкент, Узбекистан)
- Дмитрий Альбертович Таюрский, КФУ (Казань, Россия)
- Игорь Борисович Ушаков, ФМБЦ им. А.И. Бурназяна (Москва, Россия)
- Хартмут Фюсс, ИМ (Дармштадт, Германия)


